2000 年 4 月，山东省（鲁编 [2000]6 号文）批准正式成立孔子研究院，明确为副厅级建制的事业单位，隶属于省文化厅和济宁市政府管理。根据济编 [2001]13 号文件，院设办公室、学术研究部、信息联络部、学术交流部、收藏展览部、安全保卫部五部一室。
