根据中央领导同志“曲阜应搞成研究孔子学派和儒家思想发展的中心”的批示，1986年10月、1987年3月，谷牧同志受国务院委托分别在曲阜、北京主持召开了曲阜历史文化名城保护和建设座谈会，明确提出在曲阜建设孔子研究院的设想。国务院以国阅[1987]17号文件转发了《座谈会纪要》。《纪要》提出：“为了适应国内外孔子研究的需要，有必要在孔子故里建立一个兼有文物保护、学术研究和博物展览等功能的机构并建设相应的建筑设施。”“争取逐步把曲阜建成全世界孔子及儒家思想学术研究中心和我国文化旅游中心之一。”1994年6月，全国政协委员来山东视察后形成了给全国政协的《关于视察山东省情况的报告》，报告中提出了在曲阜兴建孔子研究院一事。10月，李瑞环同志主持全国政协八届八次常委会审议通过了全国政协委员赴山东视察团《关于视察山东省情况的报告》，又提出了在曲阜兴建孔子研究院的建议，并以全办发[1994]53号文件正式报党中央、国务院。山东省人民政府也为兴建孔子研究院一事以鲁政发[1995]20号文呈报国务院，国务院以国办函[1996]66号文批准在曲阜建立孔子研究院，并于1996年9月28日孔子诞辰2547年纪念日举行了奠基仪式。

    孔子研究院规划设计由中国科学院院士、工程院院士、清华大学教授吴良镛先生担任。吴良镛先生本着认真负责的精神和量力而行的原则，多次来曲阜实地考察，广泛征求国内外设计大师及文物、儒学专家及省市有关专家的意见，确定了孔子研究院的建筑风格、建设标准、功能划分。在设计风格上既体现东方文化的思想内涵，又突出现代特点，在保证五项功能的正常运转同时，还结合现代旅游的特点，采取半开放式的设计思路，使其不但是一处较高层次的研究机构，而且还是一处具有较高品位的文化旅游景区。

    孔子研究院院址选在孔庙神道路的延伸线上，小沂河北面的大成路以西。其北面有三孔和曲阜旧城，为历史文化区；西面有曲阜师范大学，为文教区；东面为工业区商业区；南面是曲阜新区。孔子研究员规划设计为中心部分的精华地区——新儒学文化区。总体布局构图以方和圆作为基本母题，用隐喻方式充分表达中国文化内涵，将儒学“仁”“和”观念融入规划之中。根据与借签“络书”、“河图”、“九官格” 及风水学说理论，将现有的地段匠心独运，合理布局。规划设计占地9.5公顷，总建筑面积26000平方米。对孔子研究院这个机构，山东省人民政府在鲁政字[1996]3号文中明确为省属事业单位。

    孔子研究院的建筑群根据功能规划设计为四个区：
东区——正对“论语碑苑”，为主入口、引导和管理办公场所。
中区——圆形中心广场，位于东西、南北两主轴线的交汇之处，它既是建筑群的中心和主体建筑群的中心和主体建筑的前景空间，又具有纪念性、象征性、文化性和使用性，并可作为孔子文化节、音乐会或其他重要集会的场所。（附孔子研究院平面图、鸟瞰图）
北区——博物馆和图书馆构成的主体建筑，规整集中式，庄严肃穆。
西区——报告厅、会议和研究用房，院落分散式，自由灵活，可根据需要扩展生长，报告厅前设四季厅，可多功能使用。

一期工程
    孔子研究院的建设本着“统一规划、统一设计、量力而行、分步建设”的原则，按照清华大学建筑设计院的规划设计方案，规划占地面积9.5公顷，建筑面积26000平方米，分两期完成。一期工程投入1.2亿元，建筑面积18000平方米，包括主体工程、辟雍广场及辅助设施，该工程1999年9月竣工。孔子研究院一期工程现已完成，具备了博物展览、文献收藏两项功能。

二期工程
    该工程投资0.3亿元，主要是学术报告厅和研究中心的建设，该项工程2007年9月竣工，并成功举办世界儒学大会发起国际会议、联合国教科文组织孔子教育奖颁奖典礼等众多大型会议。

三期工程
    三期工程是我院整体建设的配套完善工程，省委书记、省长都做了重要批示，市委、市政府、省文化厅也高度重视。目前正式立项前的各项工作已基本就绪，上级正在对我院三期工程的立项进行审查，争取2008年文化节前基本完成主体工程，确保2009年投入使用。

建筑群体
    整个布局借鉴“河图”、“洛书”和“九宫”的观念，采用“方圆”结合的建筑形式，集中体现了孔子的思想在中国2000多年来的影响。同时，在园林的设计上也巧妙地融入了“高山仰止”、“知者乐山，仁者乐水”以及“杏坛讲学”等与孔子有关的名词佳句。使研究院成为一座融研究、展示为一体的城市、园林、雕塑、建筑有机结合的标志性建筑。

主体建筑
    主楼仿西汉礼制建筑，以“高台明堂”为原型，采用“外三内四”的对称建筑结构。高30米，外三层里四层，一层为台基，内设图书室、阅览室。二层方形，三、四层圆形，寓意天圆地方。脊吻为凤，凤是祥鸟，只有天下清平有道时才会出现，所以在春秋礼崩乐坏的时期，孔子认为天下有道无望，发出“凤鸟不至，河不出图，吾已矣夫”的悲叹。如今天下清平，凤凰来仪，孔子有知，当会欣然而笑。
　　 拾级而上，穿过平台，直入二层大厅。迎面是一幅高19米、宽10小的木雕壁画，图名“山高水长”，取范仲淹《严先生祠堂记》中的“先生之风，山高水长”以赞颂孔子的高风亮节。壁画前是一组五人雕塑，创意取自《论语·先进》“侍坐章”。孔子要弟子子路、曾点、冉有、公西华分别谈谈自己的志向。粗率的子路抢先回答可以富国强兵受到孔子的哂笑，冉求的治理小国和公西华的大典司仪孔子未置可否，唯独曾点的“冠者五六人，童子六七人，浴乎沂，风乎舞雩，咏而归”的志向受到孔子的赞同。曾点的志向看起来很小，但它却是天下清平、文教兴盛的景象，正是孔子理想的王国，难怪孔子会发出“吾与点也”的赞叹。
　　 二、三层主厅现举办着孔子纪念展览，以图片、器物、雕塑、绘画等形象地介绍孔子的生平、孔子的思想、儒学的发展和孔子思想在海内外的影响，仔细参观，如同浏览一部孔子思想简史。
　　 二层主厅后面还有两个展厅，西厅“千年香烟”主要展出历代祭祀孔子的祭祀文物，而东厅展出当代著名书画家书画作品和海外政治闻人对孔子的评价题词，由此可见古今中外对孔子的敬仰。
　　 乘电梯直上四楼，圆形的展橱内陈列着金版《四书》——中文的《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》和英文《论语》，书铜版鎏金，美仑美奂，恐怕是世界上第一部金属版《四书》。
登上三楼外平台，向北远瞻孔庙古色，向南眺望新城新貌，向东俯视论语碑苑山水碑刻，向西远眺大学英姿。而绕楼一周可读《礼祀》“大同篇”，分别由中文、英文、法文、俄文、西班牙文、德文、日文、韩文八种文字刻成。“大道之行也，天下为公”，孔子的大同理想要靠世界各国人民的共同努力去实现。

壁壅广场
    广场的正中是一座方形高台，台阶三层，每层三级。拾级可上台顶，顶方8.88米，中间用万年青花岗岩铺砌成圆形，圆外及台阶均为黄色花岗岩，寓意天圆地方，天苍地黄。万年青花岗岩中嵌有77个喷头，正中一个喷水最高，中圈4个略高，外围72个略低，分别象征孔子和颜回、曾参、子思、孟子四配与七十二贤。再外水池中的300个喷头，以一当十，象征弟子三千。377个喷头喷玉溅珠，微风吹拂，彩虹隐隐，形象地喻示了孔子及其弟子开创的中国历史上第一个思想高潮的盛况。台阶涌泉如帘，又象征着儒家思想代代相传，经久不息。
　　广场四面设桥为出口，红色的花岗岩地面中，东入口嵌有大花绿铺成的圭，南出口嵌有泰山红铺成的璋，西出口嵌有汉白玉铺成的琥，北出口嵌有芝麻黑铺成的璜。古人以五行与五帝、五色、五方、五音、五味等相配。东方属木，色青，为春，春祭东方青帝用青色圭；南方属火，色赤，为夏，夏祭南方赤帝用赤色璋；西方属金，色白，为秋，秋祭西方白帝用白色琥；北方属水，色黑，为冬，冬祭北方帝用黑色璜。

研究中心
    设计为正方形2层四合院式建筑，四面建筑内部通联。中建设466平方米的天井，拟建为绿地。一层分别在西南角、东南角和东侧中央设3个入口，西南部通过封闭式连廊与会议中心相连，在连廊中间设一共用的主入口，东南入口通过仿古的柱廊与会议中心相连，东侧大门可经过曲径进入广场；该层东面建筑布置传达室、1个圆桌会议室、机房和开水间，其它三面以布置研究用房为主，共设11个自然间，另设有1间小办公室作为管理用房。研究中心二层布置15间研究室，1个圆桌会议室，2个贮藏室。

会议中心
    由剧院式学术报告厅、多功能厅、、4个多媒体会议室（兼教师）和辅助用房主、组成。设计为2层（局部三层）整体式建筑。 首层总体分为东西两个部分，东半部布置主入口和共享空间达到3层的多功能厅，在多功能厅南、北侧布置两个会议室（教室）。西半部平面布置以报告厅为中心。报告厅唇型固定式主席台设于西端，亦可用于放映及小型演出活动。中间为听众席，共设383个座席，中央座席17排，每排15座，两侧为16排，每排4做；报告厅东段为控制室。主席台后设有4间后台用房和卫生间 。南侧设一入口，入口内两边分别设贵宾接待室和机房；北侧以连廊与研究中心相通，另布置公共卫生间。
会议中心二层主要由多功能厅和报告厅上空构成，中间（即控制室楼上）设为报告厅二层旁听席，可布置63个座席和同声传译设备用房。会议中心局部3层为多功能厅仿古屋顶。

四书苑
    四书苑为国内唯一一座以篆刻《四书》为主要内容的，采用仿古与现代园林艺术风格相结合，集书法、绘画、篆刻、浮雕及美术作品于一体建筑。
    “四书苑”由孔子研究院原党委书记许传俊同志创意，孔祥林、杨春炳、孙玉山等同志共同参与设计，王洪武执笔，几易其稿，于二零零五年三月施工。全国劳模、十五大代表、裕隆集团董事长秦裕彦同志捐资五十万元，历时五个月工程顺利完工。为此，杨春炳同志撰文《四书苑记》，由郑国平书丹，立石于苑前以示纪念。
    “四书苑”设计以内圆外方相结合，喻天圆地方及“不以规矩不成方圆”之意，采用内外两层迂回地坛式建筑，围墙以石椽板式覆顶，造型新颖，美观大方，设计者真可谓匠心独运。苑中央的圆坛之上，矗立着一座铜制圣人-------孔子头像,名曰“大哉孔子”。作者以局部放大，夸张写实的艺术表现手法以示人类文明与智慧的象征，与照壁上“诺贝尔巴黎结论”相呼应。作品由李友生设计、临朐华艺公司承做。四周墙体上嵌李泰和小篆《论语》，刻石成75度仰角，以便游人观赏。漫步庭院回廊，吟《论语》读圣书，领悟先师之道微言大义，顿感清心涤念；观“大哉孔子”无不被孔子博大精深的思想所震撼。同时，儒家思想中“礼”的等级概念在这里得以充分体现，居中为尊，象征着《论语》在儒家思想学说中的核心内容和其崇高的历史地位。内层外墙东西分别为大篆书体《中庸》和《大学》，外墙内嵌小篆《孟子》。观《四书》通篇，书体端庄，结构严谨，令游人叹为观止。
    座落在壁雍广场西南角的“四书苑”，迎面照壁上的篆书三个大字为著名书法家于太昌先生手书；背面则是著名书法家李铎书写的“诺贝尔巴黎结论”。两侧墙面上浮雕壁画为著名壁画家张逸民先生所作。壁画在有限的空间内集中了大小十四个场面，四十五个人物等图形。仿汉画像风格，除孔子像以外，其它人物造像均无明显区别，一律是象征性、图案式、符号式的处理，此做法符合此类画像的处理常规。

景点绿化
    以四季有景，三级有花为原则，同种草木适当加以集中以草坪、珍贵花卉、树木为主，以石水为辅，形成了以主楼、壁雍广场、乐水池、南办公区为中心的绿化带。使孔子研究院构筑与林木郁如帷的密林环境之中，即注重与原建筑物浑然一体，体现现代园林艺术风格，又不脱离孔子思想的育化，着重体现儒家思想的精华。
    取“智者乐水，仁者乐山”之意，在主楼西堆土叠山，喻“尼山”，山上种植梧桐、淡竹、桧柏、杏、黄栌等树种，突出秋山之明净。东挖池理水，山石驳岸,喻“洙泗”，称“水乐池”。四周草坪上种植淡竹、杏、麻桃，突出水性之清远。北源山中之水,南通小沂河,颇有"问渠哪得清如许,唯有源头活水来" 意境.池塘四周,柳树成荫,并栽种春夏秋冬各类奇异珍贵花草树木,冬春看樱花紫荆,夏秋观紫薇木槿.百花争艳,四季如春,依山旁水,其乐融融.
    南办公室与沂河绿化相呼应，浑然一体。整体以疏林草地为主，场地开阔，以火棘、石楠、海桐、广玉兰等常绿花木为基础，搭配上红枫、鸡爪等红叶植物，与腊梅、红瑞木、南天竹、风尾兰等相映，构成以秋冬景观为主，春夏景观为辅的景区。

其他建筑
    穿过大门，脚下是用红色花岗岩石铺就的甬路，一行圆形象征古代礼乐文化的玉佩图案汉白玉嵌在甬道正中，甬道南北两侧的长廊上镶立着用玻璃版制作的全篇《论语》，文白对照，黄发垂髫，均可了解高深的孔子思想。南侧长廊与办公室相连，办公区为田字型青瓦平房，包括办公室、接待室及会议室。北侧长廊以北为山水瀑布园林，论语钟亭和孔子铜像座落于绿树丛中。二亭东西对立，亭内各悬一钟，钟体内外满铸文字，分铸《论语》上、下部。钟亭以北为孔子铜像，高二点八四米，周围用白色花岗岩作基围。临风而立，衣随风摆，对传统孔子像进行了改造，较真实地反映了孔子的神态。