2000年4月，山东省（鲁编[2000]6号文）批准正式成立孔子研究院，明确为副厅级建制的事业单位，隶属于省文化厅和济宁市政府管理，院设办公室、学术研究部、收藏展览部、信息联络部、学术交流部、安全保卫部。