2007年4月19日，吴良镛先生第28次来我院视察指导二期工程建设。吴老先生早上9点抵达研究院，便在研究院有关领导陪同下直奔建筑工地。来到工地，老人很兴奋，总是快步走在最前面，深入到工地的每个地方看看。吴老先生在工地上一眼就认出了建设孔子研究院一期工程的老工人，并与他们进行了亲切的交谈。下午3时，在研究院会议室召开了现场办公会。孔子研究院李家平书记在会上介绍了二期工程建设情况。济宁市委副书记赵树国和曲阜市委书记朱庆安等领导认真听取了介绍，并与吴良镛先生进行了探讨。

    吴良镛，中国科学院院士，中国工程院院士，俄罗斯建筑与建设科学院外藉院士，法兰西建筑科学院外藉院士，清华大学建筑系创始人之一，1922年5月出生于江苏南京，国内最具声望的建筑学与城市规划专家，曾任国际建筑师协会副主席、世界人居学会主席，现任建筑与城市研究所所长、人居环境研究中心主任、中国城市规划学会理事长、中国建筑学会副理事长、中国城市科学研究会副理事长等职。

    自入清华始，吴先生一直从事建筑教育工作。1946年，抗战胜利后，吴良镛协助梁思成先生在清华大学创办建筑工程学系。建系之初，梁思成在美讲学，只有林徽因教授与吴良镛二人执教。1947年梁先生讲学返校后，逐步在教学中开始增加欧美现代建筑教育内容。1948年夏，经梁思成推荐，吴良镛赴美，在著名建筑师E.沙里宁主办的匡溪艺术学院进修。1950年当他获得该学院硕士学位时，梁思成来信："新中国急需建设人才！"他毅然回国，重新执教清华。

    对孔子研究院这件旷世之作，吴良镛先生是这样说的："现在有些建设本来位于非常好的地点，特别是一些文化建筑，却没有中国文化的内涵在里面，我心里很难受。我们做孔子研究院的设计，就把其定位于在特殊地点(孔子家乡)的特殊功能的建筑(以研究和发挥儒学文化为内容)。它必须是一座现代建筑，又屹立在这个文化之乡，必须具备特有的文化内涵。在对战国时代的建筑文化以及对中国书院建筑发展的沿革、形制进行一番探讨之后，从建筑构图、总体布局、室内外造型包括装饰纹样等，都做了一定的探索。然后再运用西方和中国建筑的技巧予以现代形象表达，创造一种'欢乐的圣地感'。"